所長辦公室

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紀檢監察室(审计处)

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科技管理處

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後勤保衛處

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園藝科普中心

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植物標本館(圖書信息中心)

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植物多樣性與系統演化研究中心

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藥用植物研究中心

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果樹研究中心

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草業研究中心

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觀賞植物研究中心

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植物生態與環境研究中心

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天然産物化學研究中心

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